疾控中心實驗室排水來源復雜，污水中含有病毒、細菌、化學藥劑、有機物等污染物，直接排放對城市環境和市民健康存在潛在隱患，應經污水處理站處理后，方可接入市政污水管網。
污水處理工藝為：化糞池→格柵→調節池→MBR膜生物反應池→氯消毒→排放。
污水處理采用(MBR)膜生物反應器，將傳統的活性污泥法與高效膜分離技術相結合，它用具有*結構的浸沒式膜組件置于曝氣池中，經過好氧曝氣和生物處理后的水通過MBR膜組件，由泵通過濾膜過濾后抽出，MBR膜將反應池中的大部分病菌、病毒及有機物等截留下來達到去除效果。
由于污水存在病毒、細菌，污水處理的核心是消毒，設計采用兩級強化消毒，首先污水在預消毒池進行預消毒，經過處理后的出水再進行二次消毒，前端預消毒殺死水中大部分致病細菌、病毒，末端消毒進一步強化消毒效果。
污水處理站的化糞池和處理構筑物的污泥，由具有相應資質的單位或部門定期掏取，所有污泥必須經過有效的消毒處理，按醫療廢物處理要求進行集中(焚燒)處置。
廢水：廢水處理的方法是根據廢液的性質確定的處理方法的。一般采取的方法有：化學處理方法、物理處理方法、生物處理方法。
由于疾控實驗室排放廢水里包含大量細菌病毒，而且還有重金屬和有機物，成分復雜，所以常常采用絮凝沉淀、生物降解、多重吸附、消毒殺菌、復合過濾為一體的處理模式。
廢氣：廢氣處理可采用的方法有：加熱滅菌方法、高效過濾器方法、混合滅菌方法、火焰滅菌方法等。
固體廢料：固體廢料的處理方法有：蒸汽滅菌方法、氣體熏蒸方法、液體浸泡方法、輻射滅菌方法、焚燒處理方法等。
